Ačkoli úplné zabezpečení v dnešní době neexistuje kvůli neustálým hrozbám, které se denně objevují v podobě škodlivých programátorů a hackerů, lze vytvořit bezpečnostní protokoly, které udrží vysokou úroveň zabezpečení výměny.
Existuje několik způsobů, jak zabezpečit systém Windows Exchange. Virtuální servery SMTP jsou obvykle neviditelné a nepřístupné široké veřejnosti, jinak označované jako neautorizovaní uživatelé. Výchozí omezení relay neumožňují uživatelům odesílat poštu do externích míst pomocí serveru Exchange.
Někdy má uživatel tendenci měnit omezení, která umožňují použití serveru Exchange k rozesílání spamu. Jinými slovy, pokud je server otevřený pro relay, mohou neoprávnění uživatelé používat váš server k odesílání e-mailů ostatním, což zvyšuje viditelnost a označení serveru jako otevřeného relay. Někdy se kontrola relay a relaying zaměňuje se spamem; správce musí pochopit, že relay neblokuje spam.
Anonymní přístup k internímu serveru SMTP a vyhrazeným serverům SMTP musí být pro klienty IMAP a POP zakázán. U obecných serverů Simple Mail Transfer Protocol není třeba anonymnímu přístupu bránit, protože autorizační protokoly existují ve výchozím nastavení.
Servery Exchange jsou navrženy tak, aby automaticky ověřovaly a poskytovaly přístup k e-mailům a interní komunikaci. Zabraňují neoprávněnému přístupu a zajišťují, aby nebyl narušen tok pošty. To poskytuje virtuálnímu serveru SMTP dodatečnou sílu nebo zabezpečení.
Omezení odesílání pošty, zpráv a souborů a předávání přístupu na interní servery SMTP by také mohlo pomoci zvýšit úroveň zabezpečení. Standardní server Windows 2000 nebo Windows 2003 Discretionary Access Control List vám pomůže poskytnout explicitní oprávnění uživatelům a skupinám pro přístup k serverům.
U serverů, které mají přijímat poštu z internetu, je nutné ponechat anonymní příjem pošty, ale s dodatečným zabezpečením. Tím je zajištěno, že pošta z různých serverů a od různých poskytovatelů poštovních služeb může být stále přijímána při zachování dobré úrovně zabezpečení v systému Exchange.