Bár a teljes biztonság napjainkban nem létezik a rosszindulatú kódolók és hackerek által naponta generált folyamatos fenyegetések miatt, biztonsági protokollokat lehet létrehozni a csere magas szintű biztonságának fenntartása érdekében.
Van néhány módszer, amellyel biztosíthatja a Windows Exchange rendszerét. Az SMTP virtuális szerverek általában láthatatlanok és elérhetetlenek a nagyközönség számára, egyébként illetéktelen felhasználóknak bélyegezve. Az alapértelmezett relé korlátozások nem teszik lehetővé, hogy a felhasználók az Exchange-kiszolgáló segítségével külső helyekre leveleket küldjenek.
Néha a felhasználó hajlamos megváltoztatni azokat a korlátozásokat, amelyek lehetővé teszik az Exchange-kiszolgáló használatát spamküldési célokra. Más szóval, ha a kiszolgáló nyitott a továbbításra, a jogosulatlan felhasználók használhatják a kiszolgálót levelek küldésére másoknak, ami növeli a láthatóságot, és nyílt továbbításra szolgáló kiszolgálóként jelölhető. Néha a relévezérlést és a relévezérlést összekeverik a spamekkel; a rendszergazdának meg kell értenie, hogy a relévezérlés nem blokkolja a spameket.
A belső SMTP és a dedikált SMTP-kiszolgálókhoz való névtelen hozzáférést meg kell akadályozni az IMAP- és POP-ügyfelek számára. Az általános Simple Mail Transfer Protocol kiszolgálók anonim hozzáférését nem kell megakadályozni, mivel az engedélyezési protokollok alapértelmezés szerint léteznek.
Az Exchange-kiszolgálókat úgy tervezték, hogy automatikusan hitelesítsék és hozzáférést biztosítsanak a levelekhez és a belső kommunikációhoz. Megakadályozzák az illetéktelen hozzáférést, ezért biztosítják, hogy a levélforgalom ne szakadjon meg. Ez extra erőt vagy biztonságot nyújt az SMTP virtuális kiszolgálónak.
A levelek, üzenetek és fájlok továbbításának korlátozása, valamint a hozzáférés belső SMTP-kiszolgálókon történő továbbítása szintén segíthet a biztonság szintjének növelésében. A szabványos Windows 2000 kiszolgáló vagy a Windows 2003 diszkrecionális hozzáférés-vezérlési lista segítségével a felhasználók és csoportok számára egyértelmű jogosultságokat biztosíthat a kiszolgálókhoz való hozzáféréshez.
Azon szerverek esetében, amelyeknek az internetről kell leveleket fogadniuk, kötelező meghagyni az anonim levélfogadást, de extra biztonsággal. Ez biztosítja, hogy a különböző szerverekről és levelezőszolgáltatókról érkező levelek továbbra is fogadhatók legyenek, miközben az Exchange jó biztonsági szintet tart fenn.